Воронцов Илья Иванович — 8 отзывов | Железнодорожный (Балашиха)

Образование

• 1971

  Казахский национальный медицинский университет имени С.Д. Асфендиярова

  (лечебное дело)

  Базовое образование

Отзывы

Пациент
+7-968-60XXXXX

5 января в 14:31

+2.0

отлично

Тщательность обследования

Эффективность лечения

Отношение к пациенту

Информирование пациента

Посоветуете ли Вы врача?

Отлично

Отлично

Отлично

Отлично

Однозначно

Проверено (2)

Посетили в январе 2022

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Пациент
+7-905-55XXXXX

19 марта 2021
в 12:43

-2.0

ужасно

Тщательность обследования

Эффективность лечения

Отношение к пациенту

Информирование пациента

Посоветуете ли Вы врача?

Ужасно

Ужасно

Ужасно

Ужасно

Никогда

Проверено (2)

Посетили в марте 2021

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Пациент
+7-969-04XXXXX

26 февраля 2021
в 11:59

+2.0

отлично

Тщательность обследования

Эффективность лечения

Отношение к пациенту

Информирование пациента

Посоветуете ли Вы врача?

Отлично

Отлично

Отлично

Отлично

Однозначно

Проверено (1)

Посетили в феврале 2021

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Пациент
+7-916-76XXXXX

8 ноября 2019
в 14:31

+2.0

отлично

Тщательность обследования

Эффективность лечения

Отношение к пациенту

Информирование пациента

Посоветуете ли Вы врача?

Отлично

Отлично

Отлично

Отлично

Однозначно

Проверено (1)

Посетили в июне 2019

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Пациент
+7-915-24XXXXX

16 октября 2019
в 11:48

+2.0

отлично

Отношение к пациенту

Информирование пациента

Отлично

Отлично

Проверено (2)

Посетили в октябре 2019

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Пациент
+7-908-16XXXXX

10 сентября 2019
в 15:56

-2.0

ужасно

Тщательность обследования

Эффективность лечения

Отношение к пациенту

Информирование пациента

Посоветуете ли Вы врача?

Ужасно

Ужасно

Ужасно

Ужасно

Никогда

Проверено (1)

Посетили в сентябре 2019

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Пациент
+7-916-73XXXXX

26 августа 2019
в 11:04

+2.0

отлично

Отношение к пациенту

Информирование пациента

Посоветуете ли Вы врача?

Отлично

Отлично

Однозначно

Проверено (2)

Посетили в августе 2019

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Пациент
+7-925-71XXXXX

14 августа 2017
в 16:07

0.0

нормально

Проверено (1)

Медицинский центр «Ваш Доктор»-мкр. Павлино, д. 15/1

Воронцов Илья Дмитриевич, 2012

/// Voroncov Ilya

Защитник
• 29 марта 2012

10 лет 8 месяцев

Возраст

—

Команда

Россия

Гражданство

—

Место рождения

—

Первая команда

41

Просмотров

/// Бейджи

У игрока пока нет бейджиков. Тут размещаются специальные значки за успехи, достижения и интерес к хоккею.

/// Грамоты, дипломы, сертификаты

Пока нет грамот и дипломов. Вы можете добавить новые данные через наш коммерческий отдел.

/// Участие в сборах

Данные о сборах могут внести тренеры. Для добавления информации необходимо обратиться в наш коммерческий отдел.

/// Награды и достижения

Пока нет наград с турниров. Если игрок ранее получал награды, то вы можете добавить достижения и фотографии в данный блок — будет коллекция как на этом примере.

/// Игровые моменты + добавить

У игрока нет зафиксированных на видео голов или передач. Для добавления видео в данный блок, как на этом примере, необходимо произвести видеоразбор игр.

Все сезоны2021/2022

Все лиги1046

Все турниры

Все команды,

Любые действиеГолы и передачиГолыПередачиБез очков

ОпцииС плей-офф

/// Игры

Недавние игры2021/2022Все сезоны

Все лиги1046

Все команды13116

Все ареныМосква, Академия «Спартак»Москва, АрктикаМосква, ЛДС «Медведково»Москва, ЛДС «Русь»Москва, ЦСКА АренаПодольск, ЛД ВитязьЯрославль, ДС «Торпедо» им. С.А. Николаева

Любые действиеГолы и передачиГолыПередачиБез очков

Медиа неважноС видеоБез видео

Наши друзья и партнёры

Вконтакте

Telegram

Youtube

Турнирам

Партнерам

Реклама

Командам

Турнирам

Лигам

Контакты

Организаторы

Вакансии

Пользовательское Соглашение

Обработка данных

Условия пользования

Все права на текстовую и графическую информацию принадлежат их правообладателям: фотографии — авторам фотографий, статистические данные — их владельцам и в соответствии с Федеральным законом РФ № 152-ФЗ «О персональных данных» могут быть удалены по просьбе владельцев. Сайт «TrackHockey» является хранилищем цифровых данных и не претендует на права статистических данных и фотографии, которые принадлежат игрокам или их авторам.

Использование материалов сайта возможно без каких-либо разрешений и ограничений, если цели использования не противоречат законодательству РФ.

Для автоматизированного извлечения информации с сайта у нас есть очень функциональный API — обращайтесь.

При цитировании материалов сайта ссылка на «TrackHockey» не обязательна, но приветствуется.

Все права на авторскую графику (сигнатуры, дизайн сайта) и символику «TrackHockey» принадлежат ООО «Айсберг Групп».

ООО «Айсберг Групп», г.Химки, мкр. Левобережный, ул. Пожарского, вл. 22а (Ледовая Арена «Айсберг»).

«TrackHockey» создан и обслуживается в Iceberg Group

Обо мне | Илья Воронцов / Илья Воронцов

Привет, я Илья Воронцов (Илья Воронцов), исследователь и разработчик из Москвы, Россия.

Изучаю регуляцию генов в Институте общей генетики им. Вавилова методом биоинформатического анализа данных (с 2012 года).

Мой профиль ученого в Google.

Избранные статьи

1. (2019) Что о вас говорят соседи: локальный контекст цис-регуляторных модулей усложняет предсказание регуляторных вариантов. Дмитрий Д Пензарь, Арсений О Зинкевич, Илья Е Воронцов, Василий В Ситник, Александр В Фаворов, Всеволод Ж Макеев, Иван В Кулаковский.
   Frontiers in Genetics, 31 октября 2019 г. doi:10.3389/fgene.2019.01078
2. (2017) HOCOMOCO: На пути к полной коллекции моделей связывания факторов транскрипции для человека и мыши с помощью крупномасштабного анализа ChIP-Seq. Иван В Кулаковский, Илья Е Воронцов, Иван С Евшин, Руслан Н Шарипов, Алла Д Федорова, Евгений И Руминский, Юлия А Медведева, Артуро Магана-Мора, Владимир Б Байич, Дмитрий А Папаценко, Федор А Колпаков, Всеволод Ж Макеев.
   Nucleic Acids Research, том 46, выпуск D1, 4 января 2018 г., страницы D252–D259. doi:10.1093/нар/gkx1106
3. (2016) Отрицательный отбор поддерживает мотивы связывания фактора транскрипции при раке человека. Илья Е Воронцов, Григорий Химуля, Елена Н Лукьянова, Дарья Д Николаева, Ирина А Елисеева, Иван В Кулаковский и Всеволод Ж Макеев.
   BMC Genomics 2016, 17 (Приложение 2): 395. дои: 10.1186/s12864-016-2728-9
4. (2016) HOCOMOCO: расширение и расширение коллекции моделей сайтов связывания факторов транскрипции. Иван В. Кулаковский, Илья Э. Воронцов, Иван С. Евшин, Анастасия В. Соболева, Артем С. Касьянов, Хайтам Ашур, Вайль Ба-алави, Владимир Б. Байич, Юлия А. Медведева, Федор А. Колпаков и Всеволод Дж. Макеев.
   Исследование нуклеиновых кислот (2015 г.). doi:10.1093/нар/gkv1249
5. (2015) PERFECTOS-APE — Прогнозирование регулирующего функционального эффекта SNP путем приблизительной оценки P-значения. т.е. Воронцов, И.В. Кулаковский, Г.Химуля, Д.Д. Николаева и В.Ю. Макеев.
   Материалы Международной конференции по моделям, методам и алгоритмам биоинформатики (БИОИНФОРМАТИКА-2015), стр. 102-108.doi:10.5220/0005189301020108
6. (2015) EpiFactors: обширная база данных эпигенетических факторов и комплексов человека. Юлия А. Медведева, Андреас Леннартссон, Резван Эхсани, Иван В. Кулаковский, Илья Э. Воронцов, Поуда Панаханде, Григорий Химуля, Такея Касукава, Финн Драблос, Консорциум ФАНТОМ. 9База данных 0010 (2015 г.). doi: 10.1093/база данных/bav067
7. (2014) Атлас экспрессии млекопитающих на уровне промотора. Консорциум ФАНТОМ.
   Nature 507, 462–470 (27 марта 2014 г.). дои: 10.1038/природа13182
8. (2013) Анализ мотивов in silico предполагает взаимодействие транскрипционного и трансляционного контроля в ответе mTOR. Елисеева И.А., Воронцов И.Е., Бабеев К.Е., Буянова С.М., Сысоева М.А., Кондрашов Ф.А., Кулаковский И.В.
   Перевод 2013; 1:е27469; doi:10.4161/trla.27469
9. (2013) Мера сходства на основе индекса Жаккара для сравнения моделей сайтов связывания факторов транскрипции. Илья Е Воронцов, Иван В Кулаковский и Всеволод Ю Макеев.
   Алгоритмы молекулярной биологии, 2013, 8:23; дои: 10.1186/1748-7188-8-23
10. (2013) От мотивов связывания в данных ChIP-Seq до улучшенных моделей сайтов связывания факторов транскрипции. И. Кулаковский, В. Левицкий, Д. Ощепков, Л. Брызгалов, И. Воронцов, В. Макеев.
    Журнал биоинформатики и вычислительной биологии (J Bioinform Comput Biol), 11(1): 1340004; дои: 10.1142/S0219720013400040
11. (2013) Изучение передовых моделей TFBS на основе данных чип-секвенции diChIPMunk: Эффективное построение матриц позиционного веса динуклеотидов. Кулаковский И.В., Левицкий В.Г., Ощепков Д.Г., Воронцов И.Е., Макеев В.Ю.
    БИОИНФОРМАТИКА 2013 — Материалы Международной конференции по моделям, методам и алгоритмам биоинформатики. дои: 10.5220/0004238201460150
12. (2013) HOCOMOCO: обширная коллекция моделей сайтов связывания фактора транскрипции человека. И.В. Кулаковский, Ю.А. Медведева, У. Шефер, А.С. Касьянов, И.Е. Воронцов, В.Б. Байич, В.Дж. Макеев.
    Nucleic Acids Research, 41(D1): D195-D202, doi:10.1093/nar/gks1089

Мои репозитории: github , bitbucket, лабораторный github.

Вот несколько инструментов и сервисов, которые я разработал на работе.

Базы данных:

• HOCOMOCO — коллекция моделей сайтов связывания факторов транскрипции. Разработан веб-интерфейс и бэкэнд. Выполнена существенная часть анализа данных.
• Эпифакторы — совокупность эпигенетических факторов, соответствующих генов и продуктов. Разработан веб-интерфейс и бэкенд.

Веб-службы:

• Веб-панель для доступа к нескольким инструментам командной строки, разработанным в нашей лаборатории, через веб-интерфейс. Разработал веб-интерфейс, участвовал в разработке бэкенда.

Наборы инструментов:

• PerfectosAPE — пакет Java для анализа влияния однонуклеотидного варианта на аффинность связывания факторов транскрипции
• MacroAPE — пакет Java для сравнения мотивов связывания факторов транскрипции (представленных в виде PWM-s) и оценки P-значения для оценки PWM/
• papolarity — набор инструментов Python для анализа распределения рибосом по транскриптам на основе данных Ribo-seq.
• pasio — инструмент python/cython для выполнения сегментации/удаления шума профиля покрытия на области с постоянным параметром Пуассона λ (с учетом априорного распределения λ ~ Γ(α,β)). Инструмент , первоначально разработанный Андреем Ландо, моя часть заключалась в оптимизации производительности и упаковке.

Некоторые из моих побочных проектов:

• Анализ динамики призыва в СССР во время Второй мировой войны.
• Анализ ежедневной активности научных центров в разных странах.
• Автоматическая идентификация репрессированных семей и дальнейшая интеграция собранных данных в вики-проект «Открытый список».
• Интерактивный исторический атлас на основе парсинга википедии, созданный школьниками под моим (и моим коллегой) руководством.

Преподавательская деятельность:

• Я один из преподавателей и организаторов Слон летняя школа прикладного программирования.
• Курировал несколько проектов по биоинформатике в Школе молекулярной и теоретической биологии.
• Написал часть учебного материала для курса Python в Яндекс.Лицее.
• Курируйте проекты на курсах LearnPython.
• Обучение учащихся 10-11 классов Интеллектуальной школы.

Технологии:

• Владею языками: Русский (родной), английский (говорю и пишу).
• Языки, на которых я пишу: Ruby (эксперт), Python (продвинутый), Cython (средний), Java (средний), C++ (средний), Javascript (средний), bash (продвинутый).
• Другой опыт: анализ и визуализация данных, машинное обучение, полнофункциональная веб-разработка (больший опыт работы с Ruby on Rails), докер, git, парсинг, базовый SQL, связанные данные с RDF и SPARQL, LaTeX.

Образование:
Окончил Московский физико-технический институт:

• Кафедра общей и прикладной физики – Институт теоретической и экспериментальной физики (Математика и физика, бакалавриат, 2011)
• Кафедра инноваций и высоких технологий – Школа анализа данных Яндекса (Математика и информатика, магистр, 2013)
• Институт общей генетики им. Вавилова (Генетика, аспирантура, 2017)

Карьера:

• 2012: развитие маркетплейса для дизайнеров
• 2012 — настоящее время: Институт общей генетики им. Вавилова. Кафедра биологии вычислительных систем, научный сотрудник

Вот мое резюме.

Прочее:

• Мои статьи для хабрахабра.
• Мой телеграм-канал об открытой науке.

Контакты:

• телеграмма: @VorontsovIE
• электронная почта: [email protected]
• телефон: +7(926)616-0892

Полногеномная карта сайтов связывания факторов транскрипции человека и мыши, агрегированная из данных ChIP-Seq | BMC Research Notes

• Примечание к данным
• Открытый доступ
• Опубликовано: 23 октября 2018 г.

• Ilya E. Vorontsov ¹ ,
• Alla D. Fedorova ¹ ,
• Ivan S. Yevshin ² ,
• Ruslan N. n. heevshin ^{2 3,3,478,}
• N. N. N. Waripov ^{2 3,3,478,}
• , N. N. N. N. Wharipov. Колпаков ^2,3 ,
• Всеволод Юрьевич Макеев
  ORCID: orcid.org/0000-0001-9405-9748 ^1,5,6 и
• …
• Иван Владимирович Кулаковский
  ORCID: orcid.org/0000-0002-6554-8128 ^1,5,7  

Исследовательские заметки BMC
том 11 , Номер статьи: 756 (2018)
Процитировать эту статью

• 3563 доступа

• 14 цитирований

• 7 Альтметрический

• Сведения о показателях

Abstract

Objectives

Исследования геномики млекопитающих, особенно те, которые сосредоточены на регуляции транскрипции, требуют информации о геномном расположении регуляторных областей, в частности, сайтов связывания фактора транскрипции (TF). Существует множество опубликованных данных ChIP-Seq о связывании факторов транскрипции in vivo в различных типах клеток и условиях. Однако обработка тысяч отдельных наборов данных часто нецелесообразна и желательно иметь единую глобальную карту геномных регионов, потенциально связанных с конкретным ТФ в любом из изученных типов клеток и условий.

Описание данных

Здесь мы сообщаем о цистомах человека и мыши, картах геномных регионов, которые обычно идентифицируются как сайты связывания TF, организованные TF. Мы предоставляем цистромы для 349 мышиных и 599 человеческих ТФ. Учитывая TF, его цистромные области подтверждаются данными нескольких экспериментов ChIP-Seq или нескольких вычислительных инструментов и, в качестве дополнительного фильтра, содержат вхождения мотивов последовательности, распознаваемых TF. Используя цистром, мы предоставляем аннотацию сайтов связывания TF в непосредственной близости от сайтов начала транскрипции человека и мыши. Эта информация полезна для выбора потенциальных генов-мишеней факторов транскрипции и обнаружения совместно регулируемых генов в данных дифференциальной экспрессии генов.

Объектив

Расположение геномных областей, ответственных за регуляцию транскрипции, ценно для многих геномных и генетических исследований, от анализа сетей регуляции генов до предсказания функционального воздействия некодирующих генетических вариантов. Существуют тысячи наборов экспериментальных данных, связанных с in vivo связыванием факторов транскрипции (TF) человека и мыши, с иммунопреципитацией хроматина с последующим глубоким секвенированием (ChIP-Seq) в качестве золотого стандарта. Многие существующие базы данных, такие как GTRD [1] или ReMAP [2], ориентированы на систематическую повторную обработку и удобный доступ к опубликованным данным ChIP-Seq.

По замыслу данные ChIP-Seq предоставляют информацию о специфическом связывании клеток. Профили связывания одного и того же ТФ могут сильно различаться в разных типах клеток или экспериментальных условиях, и для конкретного фактора транскрипции не всегда возможно отдельно анализировать сотни отдельных наборов данных. Вместо этого список воспроизводимых областей связывания TF, обычно идентифицируемых как сайты связывания TF, может быть полезен для предварительного выбора предполагаемых генов-мишеней или для открытия ключевых регуляторов для дифференциально экспрессируемых генов. Например, метакластеры, предоставленные в GTRD, представляют собой сегменты генома, связанные исследуемым ТФ в нескольких наборах данных. Для практических применений полезно иметь такие составляющие области связывания, разделенные на разные категории воспроизводимости и аннотированные встречающимися мотивами связывания факторов транскрипции, чтобы выделить вероятные подлинные сайты связывания каждого конкретного TF. В частности, особый интерес представляют сайты связывания транскрипционных факторов вблизи сайта начала транскрипции, позволяющие идентифицировать предполагаемые гены-мишени ТФ. Наконец, было бы удобно иметь доступные геномные координаты карты связывания ТФ для каждого из нескольких широко используемых выпусков генома.

Описание данных

Здесь мы представляем цистромы человека и мыши [3], полногеномные карты областей, связанных с ТФ, полученные путем систематического анализа данных ChIP-Seq. Цистромы включают данные для 349 мышиных и 599 человеческих ТФ. Цистромы обеспечивают важный информационный слой для обнаружения предполагаемых генов-мишеней соответствующих TF, для обнаружения регуляторов, связанных с известными промоторами и энхансерами, а также для анализа пересечения и обогащения различных геномных признаков, включая варианты регуляторных последовательностей.

Для каждого ТФ цистрома состоит из наборов непересекающихся регионов с присвоенными категориями надежности. Для удобства мы предоставляем полногеномные (таблица 1, набор данных 1–4) и геноцентрические (таблица 1, набор данных 5–8) карты для двух основных геномов человека (hg19, hg38) и мыши (mm9, mm10). агрегаты [4, 5]. Полногеномная карта содержит глобальные геномные координаты областей связывания ТФ. Геноцентрическая карта содержит относительное расположение ближайших сегментов цистромы для каждого сайта начала транскрипции (TSS).

Таблица 1 Обзор файлов/наборов данных

Полноразмерная таблица

Агрегация цистром и аннотация мотива

Исходный набор областей связывания TF из ChIP-Seq (пики ChIP-Seq) был извлечен из GTRD (версия 17). апрель 2017 г.). GTRD предоставил вызовы пиковых значений ChIP-Seq из четырех различных программ для определения пиковых значений (подробности см. в файле данных 1), выполненных с параметрами по умолчанию. Используя подход, описанный в [6], некоторые наборы данных были исключены как ненадежные. Затем мы применили BEDTools 2.26.0 [7] для объединения перекрывающихся интервалов из разных экспериментов и вызывающих пиков ChIP-Seq. Полученные регионы были классифицированы по четырем категориям надежности следующим образом:

A (самая высокая надежность, экспериментальная и техническая воспроизводимость): эта группа содержит цистромные области, состоящие из перекрывающихся пиков, обнаруженных не менее чем в двух наборах экспериментальных данных и не менее чем двумя инструментами вызова пиков, т. е. подтверждены не менее чем двумя экспериментами и не менее два пиковых абонента;

B (высокая надежность, экспериментальная воспроизводимость): области, подтвержденные не менее чем двумя экспериментами;

C (средняя надежность, техническая воспроизводимость): регионы, поддерживаемые как минимум двумя пиковыми вызывающими объектами.

Для сегментов субцистром A, B и C требуется, чтобы каждый сегмент перекрывал по крайней мере один пик ChIP-Seq из набора данных, который сопровождался экспериментальными контрольными данными. Все остальные воспроизводимые сегменты попадают в категорию D (ограниченная надежность). Технические детали конструкции цистромы и общая статистика цистромы представлены в файле данных 1 (см. Таблицу 1).

Все категории цистром были аннотированы предсказаниями сайтов связывания TF с мотивами последовательности HOCOMOCO v11 [6] для получения подмножества областей с истинными сайтами связывания, распознаваемыми конкретным TF.

Данные для сборок генома hg38 человека и мыши mm10 были получены непосредственно из пиковых вызовов GTRD, данные для сборок hg19 человека и мыши mm9 были получены с помощью liftOver (v353) [8].

А (наилучшие конститутивно связанные сайты) и совместные АВС (компромиссные) цистомы являются наиболее информативными. Мы использовали их вместе с аннотацией мотива для построения геноцентрической карты связывания TF (таблица 1, набор данных 5–8) с использованием аннотации GENCODE [9] (GTF, основные файлы аннотаций) и PyRanges 0.0.13 [10]. . Для каждой TSS геноцентрическая карта содержит абсолютное расстояние от TSS до ближайшего сегмента цистромы, соответствующего связыванию конкретного TF.

Ограничения

• В цистроме отсутствуют метаданные о типах клеток, антителах или экспериментальных условиях. Для изучения конкретных генов или конкретных сайтов связывания пользователю рекомендуется обратиться к подробной базе данных, такой как GTRD.

• Охват и надежность цистром сильно зависят от объема экспериментальных данных, доступных для конкретного TF. На представленной карте многие TF имеют очень разреженные карты только с несколькими связанными областями или только с категориями цистром с низкой надежностью, или вообще без областей цистромы.

• Для многих ТФ было невозможно выполнить аннотацию мотивов из-за отсутствия достоверной информации о предпочтениях последовательностей связывания, соответствующие записи явно отмечены на геноцентрической карте.

Сокращения

TF:

фактор транскрипции

Чип-Seq:

иммунопреципитация хроматина с последующим глубоким секвенированием

ТСС:

сайт начала транскрипции

Ссылки

1. Евшин И., Шарипов Р., Валеев Т., Кел А., Колпаков Ф. GTRD: база данных сайтов связывания факторов транскрипции, идентифицированных с помощью экспериментов ChIP-seq. Нуклеиновые Кислоты Res. 2017;45:D61–7. https://doi.org/10.1093/нар/gkw951.

   Артикул
   КАС
   пабмед

   Google Scholar

2. Chèneby J, Gheorghe M, Artufel M, Mathelier A, Ballester B. ReMap 2018: обновленный атлас регуляторных областей на основе интегративного анализа ДНК-связывающих экспериментов ChIP-seq. Нуклеиновые Кислоты Res. 2018;46:D267–75. https://doi.org/10.1093/nar/gkx1092.

   Артикул
   пабмед

   Google Scholar

3. Воронцов И.Е., Федорова А.Д., Евшин И.С., Шарипов Р.Н., Колпаков Ф.А., Макеев В.Ю., Кулаковский И.В. Цистромы человека и мыши: геномные карты предполагаемых цис-регуляторных областей, связанных факторами транскрипции. фиговая доля. 2018 г. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.7087697.

   Артикул

   Google Scholar

4. Консорциум секвенирования генома. Начальная последовательность и анализ человеческого генома. Природа. 2001; 409 (6822): 860–921.

   Артикул

   Google Scholar

5. Church DM, Schneider VA, Graves T, Auger K, Cunningham F, Bouk N, et al. Модернизация эталонных геномных сборок. PLoS биол. 2011;9(7):e1001091. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001091.

   Артикул
   КАС
   ПабМед Центральный
   пабмед

   Google Scholar

6. Кулаковский И.В., Воронцов И.Е., Евшин И.С., Шарипов Р.Н., Федорова А.Д., Румынский Е.И., и др. HOCOMOCO: на пути к полной коллекции моделей связывания факторов транскрипции для человека и мыши с помощью крупномасштабного анализа ChIP-Seq. Нуклеиновые Кислоты Res. 2018;46:D252–9. https://doi.org/10.1093/nar/gkx1106.

   Артикул
   пабмед

   Google Scholar

7. Quinlan AR, Hall IM. BEDTools: гибкий набор утилит для сравнения геномных признаков. Биоинформатика. 2010; 26:841–2.

   Артикул
   КАС
   пабмед
   ПабМед Центральный

   Google Scholar

8. Hinrichs AS, Karolchik D, Baertsch R, Barber GP, Bejerano G, Clawson H, et al. База данных UCSC Genome Browser: обновление 2006 г. Nucleic Acids Res. 2006;34(доп_1):D590–8.

   Артикул
   КАС
   пабмед

   Google Scholar

9. Хэрроу Дж., Франкиш А., Гонсалес Дж.М., Тапанари Э., Диханс М., Кокочински Ф. и др. GENCODE: эталонная аннотация генома человека для проекта ENCODE. Геном Res. 2012; 22:1760–74.

   Артикул
   КАС
   пабмед
   ПабМед Центральный

   Google Scholar

10. Эффективные геномные диапазоны Pythonic. https://github.com/endrebak/pyranges. По состоянию на 11 сентября 2018 г.

Скачать ссылки

Вклад авторов

IVK, IEV и VJM разработали трубопровод строительства цистрома. ADF и IVK технически реализовали трубопровод. ISY, RNS и FAK выполнили извлечение данных GTRD и метаданных. IVK, IEV и VJM написали рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Благодарности

Благодарим проф. Роберту Келшу за ценные комментарии.

Конкурирующие интересы

Авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.

Доступность материалов данных

Сборка цистром человека и мыши и наборы данных аннотаций, созданные в ходе текущего исследования, доступны в репозитории figshare: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.7087697.

Согласие на публикацию

Неприменимо.

Одобрение этики и согласие на участие

Неприменимо.

Финансирование

Строительство цистромы человека поддержано грантом РНФ И.В.К. [17-74-10188]. Создание мышиного цистрома поддержано Программой фундаментальных исследований для государственных академий на 2013–2020 годы (№ 01201363825) и программой Президиума РАН по молекулярной и клеточной биологии. Разработка инструментов аннотирования мотивов поддержана грантом РНФ 14-50-00060. И.Е.В. была лично поддержана стипендией Сколтеха по системной биологии.

Примечание издателя

Springer Nature остается нейтральной в отношении юрисдикционных претензий в опубликованных картах и ​​институциональной принадлежности.

Сведения об авторе

Авторы и организации

1. Институт общей генетики им. Вавилова РАН, ГСП-1, Губкина 3, Москва, Россия, 119991

   Воронцов Илья Е., Федорова Алла Д., Всеволова Всеволова Макеев и Кулаковский Иван В.

2. ООО «БИОСОФТ.РУ», Русская 41/1, Новосибирск, Россия, 630058

   Евшин Иван Сергеевич, Шарипов Руслан Н. и Колпаков Федор Александрович

3. Институт вычислительных технологий Сибирского отделения Российской академии наук, ул. Ржанова, 6, Новосибирск, Россия, 630090

   Шарипов Руслан Н. и Колпаков Федор Анатольевич

4. Новосибирский государственный университет, Пирогова, 2, Новосибирск, Россия, 630090

   Шарипов Руслан Н. , Российская академия наук, ГСП-1, Вавилова 32, Москва, Россия, 119991

   Макеев В.Ю., Кулаковский Иван В.

5. Московский физико-технический институт (государственный университет), 141700, Россия, г. Долгопрудный, Институтский пер., 9

   Макеев В.Ю. Келдыша Российской академии наук, Виткевича, 1, Пущино, Россия, 142290

   Кулаковский Иван Васильевич

Авторы

1. Воронцов Илья Евгеньевич

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

2. Алла Дмитриевна Федорова

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

3. Иван Сергеевич Евшин

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

4. Шарипов Руслан Николаевич

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

5. Колпаков Федор Александрович

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

6. Всеволод Ю. Макеев

   Посмотреть публикации автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

7. Кулаковский Иван Васильевич

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в
   PubMed Google Scholar

Автор, ответственный за корреспонденцию

Иван Владимирович Кулаковский.

Права и разрешения

Открытый доступ Эта статья распространяется в соответствии с условиями международной лицензии Creative Commons Attribution 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), которая разрешает неограниченное использование, распространение, и воспроизведение на любом носителе, при условии, что вы укажете автора(ов) оригинала и источник, предоставите ссылку на лицензию Creative Commons и укажете, были ли внесены изменения. Отказ от права Creative Commons на общественное достояние (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) применяется к данным, представленным в этой статье, если не указано иное.